Η πιο συχνή ένδειξη είναι η αφαίρεση λίθων από τον χοληδόχο πόρο
(χοληδοχολιθίαση) που δημιουργήθηκαν είτε στο χοληδόχο πόρο ή κύλισαν σε αυτόν από τη χοληδόχο κύστη, ακόμα και κατά τη διάρκεια μιας χολοκυστεκτομής. Η
χοληδοχολιθίαση πρέπει πάντα να αντιμετωπίζεται γιατί υπάρχει κίνδυνος σοβαρών επιπλοκών όπως λιθιασικής παγκρεατίτιδας ή χολαγγειΐτιδας. Σε περίπτωση που η
χοληδοχολιθίαση προκαλέσει επιπλοκές πρέπει να γίνει άμεση
ERCP εντός 24 - 72 ωρών.
Άλλη ένδειξη είναι η αντιμετώπιση του ίκτερου όταν υπάρχει κάποιας μορφής στένωση στα χοληφόρα (αποφρακτικός ίκτερος) καλοήθους (χρόνια παγκρεατίτιδα, 1θής σκληρυντική χολαγγειΐτιδα, μετατραυματική στένωση) ή κακοήθους αιτιολογίας (καρκίνος παγκρέατος, χολαγγειοκαρκίνωμα, λεμφαδενικές μεταστάσεις). Στην περίπτωση αυτή μπορεί νατοποθετηθεί από τον ενδοσκόπο ένας μικρός πλαστικός ή μεταλλικός σωλήνας (stent) έτσι ώστε να παροχετεύεται η χολή στο λεπτό έντερο.
ERCP μπορεί να εφαρμοστεί για την αντιμετώπιση επιπλοκών μετά από χολοκυστεκτομή λόγω τραυματισμού και κάκωσης του χοληφόρου συστήματος, όπως η διαφυγή χολής ή στένωση του χοληδόχου πόρου, για να αποφευχθεί 2ο χειρουργείο.